Został aresztowany przez funkcjonariuszy wrocławskiej bezpieki pod zarzutem prowadzenia działalności antypaństwowej w październiku 1945 roku.
Wojskowy Sąd Rejonowy we Wrocławiu wyrokiem z 28 maja 1947 roku skazał Wojciecha Duśko na łączną karę 6 lat pozbawienia wolności. Został osadzony w Więzieniu Warszawa I przy ul. Rakowieckiej, gdzie zmarł 11 stycznia 1950 roku podczas odbywania kary. Szczątki Wojciecha Duśko zostały odnalezione w wyniku prac poszukiwawczych prowadzonych przez IPN w maju 2022 roku w kwaterze F II na terenie Cmentarza Wojskowego na Powązkach w Warszawie.
8 listopada 2024 na cmentarzu parafialnym w miejscowości Wierzbna (w powiecie świdnickim) odbył się uroczysty pogrzeb o charakterze państwowym w asyście żołnierzy Garnizonu Wrocław ofiary terroru komunistycznego – śp. Wojciecha Duśko.
Przez kilkadziesiąt lat rodzina pozbawiona była możliwości uzyskania informacji, gdzie znajdują się szczątki śp. Wojciecha Duśko. Po wielu latach to IPN w maju 2022 roku odnalazł szczątki, które zostały przebadane i zidentyfikowane genetycznie. 1 grudnia 2023 roku w Belwederze w Warszawie ogłosiliśmy wszystkim Polakom, że wśród 17 odnalezionych zidentyfikowanych ofiar są szczątki śp. Wojciecha Duśko. Dzisiaj ta długa droga kończy się w taki właśnie symboliczny sposób, piękną podniosłą uroczystością pogrzebową – powiedział wiceprezes Instytutu Pamięci Narodowej prof. Krzysztof Szwagrzyk.
Śp. Wojciech Duśko był jedynym z 17 osób odnalezionych na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie z Dolnego Śląska. Pochówki pozostałych cały czas odbywają się w całej Polsce. W uroczystości, którą poprowadził naczelnik Oddziałowego Biura Upamiętnień IPN we Wrocławiu Wojciech Trębacz, udział wzięli m.in.: rodzina zmarłego na czele z synem, wiceprezes Instytutu Pamięci Narodowej prof. Krzysztof Szwagrzyk, dyrektor Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów Politycznych PRL Adrianna Garlik, duchowni, przedstawiciele lokalnych władz i służb mundurowych oraz mieszkańcy Wierzbnej i okolicznych miejscowości.
Udostępnione przez: Maciej Parysek – Oddział IPN Wrocław